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Die SEPA-Überweisung wird seit dem 28. Januar 2008 zur Abwicklung sowohl nationaler als auch grenzüberschreitender europäischer Euro-Zahlungen angeboten. Zur Nutzung dieses Verfahrens muss ein Zahlungsdienstleister das entsprechende Beitrittsdokument des European Payments Council (EPC) gezeichnet (Adherence Agreement) und seine Systeme auf die Abwicklung von SEPA-Zahlungen umgestellt haben. Eine aktuelle Auflistung der über 4.500 an SEPA teilnehmenden Zahlungsdienstleister wird vom EPC zur Verfügung gestellt

Durch die Umsetzung der Richtlinie für Zahlungsdienste im Binnenmarkt (Payments Services Directive; PSD) in nationales Recht darf die Abwicklungszeit im nationalen und grenzüberschreitenden Zahlungsverkehr in Europa seit Januar 2012 nur noch ein Bankgeschäftstag betragen. Im Falle eines beim Zahlungsdienstleister eingereichten beleghaften Überweisungsträgers verlängert sich die Ausführungsfrist auf maximal zwei Bankarbeitstage. Es macht keinen Unterschied – weder bei der Ausführungsfrist noch bei den Entgelten – ob eine Euro-Überweisung in ein anderes SEPA-Teilnehmerland, sofern dies zur Europäischen Union oder zum Europäischen Wirtschaftsraum gehört, oder im Inland getätigt wird. Das Eurosystem ermittelt regelmäßig die Nutzung der SEPA-Überweisung im gesamten Euroraum bzw. in den einzelnen SEPA-Teilnehmerländern mit Hilfe sogenannter SEPA-Indikatoren.

Im Februar 2014 löste die SEPA-Überweisung das nationale Überweisungsverfahren in den Euroländern grundsätzlich ab. Der Überweisende muss als Kontokennung seit dem 1. Februar 2016 für Zahlungen innerhalb des EWR nur noch die IBAN (International Bank Account Number, internationale Kontonummer) angeben. Bei grenzüberschreitenden SEPA Überweisungen außerhalb des EWR ist zusätzlich zu der IBAN noch der BIC (Business Identifier Code, internationale Bankleitzahl) anzugeben.

SEPA-Zahlungen können ausschließlich in Euro abgewickelt werden. Für Zahlungen in anderen europäischen Währungen (z.B. Britische Pfund oder dänische Kronen) bedarf es weiterhin besonderer Formulare (z.B. einer Auslandsüberweisung) und Abwicklungskonditionen (z.B. Entgelte, Ausführungsfristen).